Dropbox herunterladen chip

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    Q kann direkt auf die heruntergeladenen Datasets angewendet werden. Aufgrund des statistischen Modells von Q ist kein Downsampling von Steuerdaten erforderlich. Es wird im Allgemeinen empfohlen, Duplikate (d. h. mehrere Lesezuordnungen an die gleiche Position) vor dem Peak-Aufruf zu entfernen. Doppelte Lesevorgänge können von PCR-Fehlern während der Bibliotheksvorbereitung stammen, Q entfernt Duplikate im laufenden Betrieb (ohne die ursprüngliche BAM-Datei zu ändern), wodurch die Verwendung eines separaten Programms wie Samtools zum Entfernen doppelter Lesevorgänge überflüssig wird. Wenn Sie bereits doppelte Lesevorgänge entfernt haben, sind keine zusätzlichen Anpassungen für Q erforderlich. Beachten Sie, dass Q Multithreading zulässt. Um n Threads für die Analyse zu verwenden, übergeben Sie das Argument `–thread-num n` an die Befehlszeile (z. B. `–thread-num 8` für 8 Threads).

    Wenn Sie zusätzliche Fortschrittsinformationen auf dem Bildschirm drucken möchten, verwenden Sie die Option `–verbose`. Die Option `–help` zeigt Informationen zu allen Befehlszeilenargumenten an. Um die grundlegende Analyse durchzuführen, müssen Sie den Pfad zum Behandlungs-Dataset (mit dem `-t`-Flag) und den Namen des Präfixes angeben, das Sie für die Ausgabedateien von Q (mit dem Flag `–out-prefix`) verwenden möchten. Wenn ein Kontrollexperiment durchgeführt wurde, wird der Pfad zur entsprechenden BAM-Datei mit dem Flag `-c` angezeigt. Wir werden die Generierung von BigWig-Dateien für Q so schnell wie möglich implementieren. Bis dahin müssen die BedGraph-Dateien mit zwei Befehlszeilen-Dienstprogrammen von UCSC, fetchChromSizes und bedGraphToBigWig konvertiert werden. Diese Tools können für Linux und Mac heruntergeladen werden. Bitte lesen Sie den Abschnitt über die Installation, bevor Sie fortfahren.

    Q erfordert als Eingabe eine Datei, die die ausgerichteten ChIP-seq-Lesedaten im BAM- oder SAM-Format darstellt. Wenn das ChIP-seq-Experiment mit einer generischen IgG-Steuerung durchgeführt wurde (wie zu empfehlen), gibt es eine BAM/SAM-Datei für das Experiment mit dem spezifischen Antikörper (“Behandlung”) und eine BAM/SAM-Datei für das Experiment mit generischem IgG (“Kontrolle”). Wenn Sie mit nicht zugeordneten FASTQ-Dateien beginnen, kann die Ausrichtung mit einer Reihe von Programmen wie bwa und Bowtie durchgeführt werden. Im Allgemeinen wird empfohlen, dass Die Zuordnung zu mehreren Positionen im Genom (d. h. sich wiederholende Sequenzen) vor der ChIP-seq-Analyse entfernt werden sollte (Z. B. sind nicht eindeutig zugeordnete Lesevorgänge von bwa für einzelne Enddaten mit `XT:A:U` markiert und können mit den Optionen `–best -m 1` per Bowtie entfernt werden).